El conflicto del concejo de la ciudad de Cuenca con su lugar de Buenache de la Sierra era común a ambos: la necesidad de poner en cultivo nuevas tierras para alimentar la población, amén de intereses ganaderos en la zona de regidores como Pedro de Alcalá. Los de Buenache se habían lanzado a labrar los llecos de la tierra de Cuenca sin licencia de la ciudad y convertido en práctica habitual la siembra anual de cereal, a pesar de las sentencias de anteriores jueces de términos para limitar la roturación de tierras. Era la ciudad de Cuenca la que se quejaba que los bonacheros habían cultivado en beneficio propio, y detrimento de la ciudad, más de cinco mil fanegas de trigo. Era una muestra más que el pretendido problema de usurpaciones de tierras por los vasallos de señorío, ya de los Hurtado de Mendoza ya de los Carrillo, escondía un problema más profundo y que no era otro que el rápido crecimiento demográfico de inicios de siglo y la necesidad de explotar nuevas tierras.
Que el Consejo Real mandara en 1501 a un juez de términos, el licenciado Aguayo, para limitar estas roturaciones no era nuevo. Al fin y al cabo, los jueces iban y venían con comisiones cortas en el tiempo y los pueblos volvían a levantar una y otra vez las casas de campo y pajares quemados.
Desde luego, no era lo mismo estar en pueblos de señorío que de realengo. A diferencia de las zonas de la Mancha conquense que conocemos, aquellos vasallos de señores que apostaban por las labranzas parecían más favorecidos por la protección que podían recibir de familias como los Hurtado de Mendoza. Lugares de realengo como Buenache de la Sierra apostaban por atajar las decisiones desfavorables de los jueces de términos acudiendo a la Chancillería de Ciudad Real, tal como hicieron contra las sentencias contrarias del licenciado Aguayo, en la esperanza que los contenciosos interminables. Esta vez su esperanza devino en frustración, pues la Reina Isabel advocó para el supremo Consejo Real el pleito por ocupación de términos con la decisión de acabar con las labranzas de los bonacheros. Es en esta época, cuando se oyen las primeras quejas de que los pueblos de realengo se despueblan y los de señorío crecen. Y es que hasta setenta vecinos de pueblos del señorío de los Hurtado de Mendoza labraban tierras en parajes como los Masegosos, derivando los conflictos hacia el Concejo de la Mesta, donde la nobleza regional esperaba soluciones de compromiso.
Las quejas de Buenache de la Sierra eran desesperadas, pues hablaban de la ruina del pueblo tanto de sus pequeños ganaderos como labradores: sus cabezas de ganado se habían reducido a la cuarta parte y sus vecinos huían a vivir a otras partes. Un discurso exagerado pero no irreal. Quizás más irreal era el discursos de complementariedad entre las labranzas y el pasto, que escondía el ardid del labrador que limpiando la maleza y abriendo nuevos calveros en el monte se limpiaba de alimañas y se permitía el pasto de ganado.
Sin embargo, los viejos conflictos adquirían ahora en la primera década de siglo XVI un nuevo cariz. El quinquenio negro de 1504 a 1508, lo cambio todo: ruina de todos, labradores y ganaderos, en un contexto de malas cosechas y angostura de los pastos por un clima adverso. La reacción primera fue de los ganaderos, reunidos en 1507 en Esparragosa de los Lares, recordando viejos privilegios y ejecutándolos por juez ejntregador en tierras de Cuenca dos años después. Hubo interrupción de labranzas, reconocidas en tierras de señorío y realengo. Era el peor de los momentos, pues la recuperación demográfica posterior a la crisis necesitaba nuevas tierras, y allí donde los vecinos pudieron, marcharon a repoblar otras tierras. Los hombres encontraron en la Mancha conquense los recursos y tierras que faltaban en la Sierra.
